Состав и количественное соотношение рыб по акватории бассейна весьма неравномерно. Только щука, таймень и налим встречаются по всему Енисею, хотя численность этих и других рыб на разных участках реки далеко не одинаковая. Например, тугун наибольшей численности достигает между реками Ангарой и Курейкой. Основной промысел ельца осуществляется по Енисею до устья р. Нижняя Тунгуска. Плотва, окунь, язь ниже Дудинки малочисленны. Основным местом обитания чира и пеляди являются водоемы придаточной системы нижнего Енисея. Сиг (речная форма) и ленок населяют преимущественно Верхний и Средний Енисей, а ниже Курейки обычно не встречаются. Южной границей распространения валька является реки бассейна Тубы (Казыр, Кизир), северной - Нижняя Тунгуска.