Она различна для отдельных участков реки и определяется размерами площадей разных грунтов и скоростью течения.

В верхнем Енисее преобладают каменисто-галечные грунты. В связи с этим наибольшее значение имеют ручейники, поденки, мошки и некоторые хирономиды. Биомасса участка колеблется от 7,5 кг/га в его верхней части до 20,8 кг/га в нижней.

В Среднем Енисее площадь каменисто-галечных грунтов сокращается, появляются большие участки подвижных малопродуктивных песков, обусловливающих развитие только немногих организмов - олигохет и хирономид. Поэтому численность литореофилов (ручейников, поденок) сокращается, а псаммофилов (моллюсков, олигохет, личинок хирономид) возрастает. Биомасса бентоса составляет 10,6-11,5 кг/га.

Нижнее течение реки характеризуется спокойным течением, наличием песчаных и песчано-илистых грунтов и соответствующими им организмами. Поденки, ручейники, составляющие основу каменисто-галечных грунтов, с их деградацией представлены лишь в единичных количествах. Главная роль принадлежит олигохетам, личинкам хирономид и амфиподам, количество моллюсков уменьшается. Биомасса бентоса этого участка составляет в среднем 13,5 кг/га.

В дельте полностью доминируют илистые и илисто-песчаные грунты. Основу населения этих грунтов составляют амфиподы и олигохеты (до 95% всей биомассы), в меньшей степени моллюски. Средняя биомасса бентоса дельты не превышает 39,4 кг/га.