В Енисее кормовые ресурсы представлены в основном организмами планктона, нектона и бентоса. Основное значение на всем протяжении реки имеет бентос. Роль зоопланктона менее заметна, поскольку его развитие ограничивается громадной скоростью течения и сопутствующей ей большой мутностью воды. Поэтому в верхнем течении планктон почти совершенно отсутствует и только в губе и дельте, где течение заметно слабее, в питании муксуна, пеляди, омуля и ряпушки играет значительную роль. Причем наибольшее развитие планктон получает в период с середины июля до середины сентября, прочие 10 месяцев года планктона чрезвычайно мало. Заметная роль в питании некоторых видов рыб (хариуса, тугуна, ельца) принадлежит воздушному корму, т.е. насекомым, летающим над водой и падающим в воду.