Источником углекислого газа является атмосфера и биохимические процессы, которые все время идут в водоеме. Содержание его неодинаково в разных слоях воды. В летний период в результате деятельности фитопланктона (микроскопических водорослей) в верхних слоях его мало или совсем нет.

На глубине, в придонных слоях в процессе распада органического вещества количество его постепенно увеличивается с одновременным уменьшением содержания кислорода. При значительном содержании СО2 в воде, особенно в зимний период, снижается потребление кислорода из воды из-за его недостатка, наступает отравление рыбы двуокисью углерода, ее гибель, а в водоеме - замор.

Способность рыб жить в воде с различной концентрацией СО2 у разных видов различна. Карповые рыбы выдерживают большие концентрации СО2, чем лососевые. Так, критическими количествами СО2 являются: для линя - 400 мг/л, толстолобика - 300, карпа - 200, тогда как для форели - 120 мг/л.